VMD je schopný pracovať s veľmi veľkými štruktúrami až po hranice dostupnej pamäte.64-bitové verzie VMD umožňujú načítanie veľkých a dlhodobých simulačných trajektórií do fyzickej pamäte a prispôsobenie veľkých objemových súborov údajov.Simulácia kapsidu HIV s 64 miliónmi atómov opísaná v čísle časopisu Nature z 30. mája 2013 je prvotriednym príkladom toho, čo sa dá urobiť s VMD na vhodne vybavenej grafickej stanici.Model HIV-1 bol pripravený na simuláciu pomocou nástrojov na vytváranie štruktúry a skriptovacie funkcie VMD boli neskôr použité na analýzu trajektórie.Celo-atómová štruktúra kapsidu HIV-1 zobrazená na kryte Nature bola vykreslená v rámci VMD pomocou vnútorného nástroja na sledovanie lúčov Tachyon a potom bola skombinovaná s umeleckým znázornením vírusovej obálky a textu obalu Nature....
vmd--visual-molecular-dynamics
Kategórie
Alternatívy programu VMD - Visual Molecular Dynamics pre Windows
![Jmol](https://i.altapps.net/icons/jmol-8fb1.png)
3
![Rasmol](https://i.altapps.net/icons/rasmol-98713.png)
2
![pymol](https://i.altapps.net/icons/pymol-12142.png)
1