VMD je schopný pracovať s veľmi veľkými štruktúrami až po hranice dostupnej pamäte.64-bitové verzie VMD umožňujú načítanie veľkých a dlhodobých simulačných trajektórií do fyzickej pamäte a prispôsobenie veľkých objemových súborov údajov.Simulácia kapsidu HIV s 64 miliónmi atómov opísaná v čísle časopisu Nature z 30. mája 2013 je prvotriednym príkladom toho, čo sa dá urobiť s VMD na vhodne vybavenej grafickej stanici.Model HIV-1 bol pripravený na simuláciu pomocou nástrojov na vytváranie štruktúry a skriptovacie funkcie VMD boli neskôr použité na analýzu trajektórie.Celo-atómová štruktúra kapsidu HIV-1 zobrazená na kryte Nature bola vykreslená v rámci VMD pomocou vnútorného nástroja na sledovanie lúčov Tachyon a potom bola skombinovaná s umeleckým znázornením vírusovej obálky a textu obalu Nature....