Prototyp 1: Hra sa odohráva v New Yorku, kde sa na Manhattane šíri virulentný mor známy ako Blacklight.Infikovaní sú zmutovaní do ohavných príšer rôznej formy, s nekontrolovateľným nutkaním zabíjať všetky neinfikované formy života.V strede toho je hrdina, Alex Mercer, neuveriteľne silný shapeshifter bez spomienok na jeho minulosť.Paralelne s dejom hry je možnosť hrať hru ako videohra v štýle pieskoviska, ktorá dáva hráčovi slobodu potulovať sa na Manhattane.Prototyp je akčná adventúra otvoreného sveta, ktorú vyvinula spoločnosť Radical Entertainment a ktorú vydala spoločnosť Activision.Hra bola vydaná v Severnej Amerike 9. júna 2009 a v juhozápadných častiach Severnej Ameriky a Oceánie 10. júna a bola vydaná v Európe 12. júna .... Plot Hra nasleduje Alex J. Mercer, ktorý sa prebudív márnici v suteréne spoločnosti Gentek, genetického inžinierstva so sídlom na Manhattane, ktorá vyslala pár vedcov, ktorí sa práve chystali vykonať pitvu.Alex utečie a je svedkom vedcov, ktorých vojenskí robotníci zastrelili.Alex je objavený a napadnutý ... Prototyp 2: V hre sa nachádza nový protagonista James Heller, ktorý pokračuje v úsilí zničiť vírus Blacklight.Príbeh je tiež pomstou, keď Heller chce zabiť Alexa Mercera, protagonistu pôvodného prototypu potom, čo jeho rodina bola zabitá pri vypuknutí vírusu Blacklight.Plot 14 mesiacov po Prototype bol Manhattan opäť v karanténe kvôli druhému ohnisku, jeden oveľa horší ako prvý, a blokovaný od ostatných štvrtí mesta New York, ktoré bolo premenované na New York Zero (NYZ).Mestské časti v New Yorku boli rozdelené do troch zón: červená, žltá a zelená.Každá oblasť predstavuje vplyv na vírus Blacklight v New Yorku.Väčšina štvrtí New Yorku Nula bola nakazená.James Heller bude mať misie v každej zóne a obtiažnosť každej misie bude závisieť od zóny, v ktorej sa nachádza