Cytoscape je softvérová platforma s otvoreným zdrojovým kódom na vizualizáciu komplexných sietí a ich integráciu s akýmkoľvek typom dát atribútu.K dispozícii je veľa doplnkov pre rôzne druhy problémových domén vrátane bioinformatiky, analýzy sociálnych sietí a sémantického webu.Cytoscape podporuje mnoho prípadov použitia v molekulárnej a systémovej biológii, genomike a proteomike: Načítajte množiny údajov o molekulárnej a genetickej interakcii v mnohých formátoch. Projektujte a integrujte globálne súbory údajov a funkčné anotácie. Vytvorte výkonné vizuálne mapovania týchto údajov. Vykonajte pokročilú analýzu a modelovanie pomocou doplnkov Cytoscape. Vizualizáciaa analyzovať súbory údajov o dráhach liečených ľuďmi, ako napríklad Reactome alebo KEGG.