Na podporu vedcov v oblasti životného prostredia pri hľadaní „primeraného“ modelu systému, ktorý skúmajú, je potrebný počítačový program, ktorý umožňuje jeho používateľom vykonávať simulácie s použitím rôznych modelov, posudzovať identifikovateľnosť a odhadovať hodnoty parametrov modelu (pomocou nameraných údajov) a odhadnúť neistotu predikcie.Na vykonávanie takýchto analýz pre technické a prírodné vodné systémy bol vyvinutý počítačový program AQUASIM.AQUASIM umožňuje svojim používateľom definovať priestorovú konfiguráciu systému, ktorý sa má skúmať, ako súbor kompartmentov, ktoré môžu byť vzájomne prepojené prepojeniami.V súčasnosti patria medzi dostupné typy kompartmentov zmiešané reaktory, biofilmové reaktory (pozostávajúce z biofilmu a objemovej kvapalnej fázy), reaktory s usmerňujúcou difúziou (reaktory s uzáverovým prietokom s disperziou alebo bez disperzie), nasýtené pôdne kolóny (so sorpciou a výmenou pórov),riečne úseky (opisujúce tok vody a transport a premenu látok v otvorených kanáloch) a jazerá (opisujúce stratifikáciu a transport a premenu látok vo vodnom stĺpci jazera av susedných vrstvách sedimentu).Priestory je možné prepojiť dvoma typmi prepojení (jazerá zatiaľ nemožno prepojiť s inými priehradkami).Výhodné spojenia predstavujú tok vody a vhodný transport látok medzi oddeleniami, vrátane rozdvojení a križovatiek.Difúzne spojenia predstavujú hraničné vrstvy alebo membrány, ktoré môžu určité látky selektívne prenikať.Užívateľ programu má voľnosť pri určovaní ľubovoľnej sady stavových premenných a transformačných procesov, aby boli aktívne v kompartmentoch.Pre model definovaný používateľom je program schopný vykonávať simulácie, analýzy citlivosti a odhady parametrov pomocou nameraných údajov.Vďaka týmto funkciám je program veľmi užitočným výskumným nástrojom.Vypočítané výsledky je možné vyniesť na obrazovku (iba verzia rozhrania okna), zapísať ich do súboru Post-Script a preniesť ich do tlačiarne ......