Značka Ninja pozostáva z 2D plošinovej platformy orientovanej na stealth.Od tejto postavy sa vyžaduje, aby sa prepašovala cez rad prostredí, pričom by nemala strácať zo zreteľa stráž a vykonávať tiché zastavenie šírenia.Úrovne sú rozdelené do oblastí svetla a tmy;postava hráča je na druhej strane neviditeľná.Zvuky, ako napríklad beh, môžu rozdávať polohu postavy hráča a sú vizuálne reprezentované rýchlo sa rozširujúcim kruhom.Nezvyčajné pre plošinovka, Mark Ninja používa rad zrakových mechanikov, čo znamená, že nepriatelia, ktorí by boli pre postavu neviditeľní, sú pre hráča tiež neviditeľní, aj keď ich zvuky sú na obrazovke reprezentované rovnakým spôsobom ako hráčova postava... Tým, že sa postava hráča priblíži k nepriateľom, je schopná vykonať jednorazové zabitie.Aby sa to uľahčilo, hráč môže uhasiť zdroje svetla, schovať sa za predmetmi a prechádzať cez úzke mriežky a šachty neprístupné nepriateľom.Ak sa zistia, musia sa vyhnúť nepriateľom a zostať mimo dohľad po stanovenú dobu, po ktorej sa nepriatelia vrátia na svoje pôvodné pozície a jednorazové popravy budú opäť možné.Nepriatelia reagujú na svoje prostredie a navzájom;vydajú poplach, ak zistia postavu hráča alebo nájdu telo, ktoré upozorní všetkých nepriateľov v tejto oblasti.Ak počujú zvuk alebo sa nahliadnu do postavy hráča, stanú sa podozrivými, nad hlavou zobrazia otáznik a aktívne vyhľadajú postavu hráča.Plot: Príbeh hry začína útokom ozbrojených síl na základňu ninja.Nepomenovanú hlavnú postavu, ktorá vyšla po prijatí tetovania, prebudila ženská ninja menom Ora.Zhromaždením svojho vybavenia je ninja schopný poraziť vojakov a zachrániť svojho pána, Azaiho, spolu so svojimi ďalšími spoločníkmi.Azai mu povie o sile jeho tetovania a legende okolo neho a vysvetľuje, ako atrament pochádza zo špeciálnej púštnej kvetiny, ktorá poskytuje špeciálne zručnosti, ale za cenu ...