BioBlender je softvérový balík postavený na otvorenom zdrojovom softvéri na 3D modelovanie.Biológia funguje na nanoúrovni a objekty neviditeľné pre ľudské oko.S BioBlenderom je možné ukázať niektoré postavy, ktoré obývajú naše bunky, na základe vedeckých údajov a najvyššieho štandardu 3D manipulácie.Vedci z celého sveta študujú proteíny na atómovej úrovni a ukladajú informácie do verejnej databázy proteínových dát, kde je každá molekula opísaná ako zoznam jej atómov a ich 3D súradníc .... S BioBlender môžu používatelia manipulovať s proteínmi v 3D priestore, zobrazujú ich povrch fotorealistickým spôsobom a spracovávajú proteínové pohyby na základe známych konformácií.Súbory PDB je možné načítať z adresára definovaného používateľom alebo stiahnuť priamo z lokality PDB (vložením kódu PDB).Proteín je zobrazený v 3D (ako atómy alebo molekulárny povrch) a užívateľ môže vypočítať a vizualizovať jeho povrchové vlastnosti, molekulárny lipofilný potenciál a elektrostatický potenciál.Pre proteínový pohyb BioBlender vypočíta medziprodukty medzi dvoma konformáciami pomocou Blender Game Engine.Program poskytuje ako výstup aj priebežné súbory PDB a vykreslené obrázky ako film.BioBlender je implementácia Blenderu, open source, voľne distribuovaného, ​​multiplatformného, ​​interoperabilného a podporovaného programu 3D animácie, vizuálnych efektov a videohier.Kombinácia 3D počítačovej grafiky, herného enginu a vedeckých programov robí z BioBlenderu kompletný nástroj na spracovanie pohybu proteínov a zobrazenie ich povrchových vlastností pomocou vizuálneho kódu založeného na textúrach a špeciálnych efektoch častíc.Týmto spôsobom je možné ukázať fyzikálne a chemické vlastnosti molekuly v pohybe.BioBlender je výsledkom spolupráce vedcov skupiny SciVis v CNR v Pise (Taliansko) medzi vedcami rôznych odborov (biológia, chémia, fyzika, počítačové vedy) a