AtomEye je softvér na vizualizáciu atómov, ktorý je dostatočne rýchly na to, aby zvládol výstup simulácií molekulovej dynamiky s miliónmi atómov.Zahŕňa paralelné a perspektívne projekcie s úplnou trojrozmernou navigáciou, prispôsobiteľný výpočet väzieb a koordinačných čísiel, farebné kódovanie ľubovoľných užívateľom definovaných množstiev, invariant miestnych atómových kmeňov, farebné obklady a stopy atómov, až 16 rezacích rovín, periodické okrajové podmienkypreklady, snímky snímok JPEG, PNG a EPS a skriptovanie animácií ....